• Основные образовательные и научные подразделения

  • Мегафакультет компьютерных технологий и управления
    • Факультет систем управления и робототехники
      • Учебно-научно-производственный центр "Цифровые промышленные технологии"
        • Научно-технологическая лаборатория технологии цифрового производства
        • Исследовательская научно-производственная лаборатория "Оптические и лазерные технологии"
        • Опытно-экспериментальное производство "ОЭП ИТМО"
    • Факультет программной инженерии и компьютерной техники
      • Лаборатория компьютерной инженерии
      • Лаборатория облачных решений и моделирования
    • Факультет безопасности информационных технологий
      • Межотраслевой научно-образовательный центр "Безопасность и надежность критических цифровых технологий"
        • Лаборатория валидации и верификации сложных технических систем
        • Лаборатория криптографических методов защиты информации
    • Лаборатория киберфизических систем
    • Институт перспективных систем передачи данных
      • Научно-исследовательский центр перспективных функциональных материалов и лазерных коммуникационных систем
        • Лаборатория оптоэлектронного обеспечения киберфизических систем
        • Транснациональная научно-образовательная лаборатория перспективных методов исследования материалов UniFEL
        • Лаборатория лазерных систем
      • Научно-исследовательский центр радиофотонных систем передачи данных
        • Лаборатория технологий сборки систем передачи данных
        • Лаборатория однофотонных детекторов и генераторов
    • Институт информационно-навигационных систем
    • Институт интеллектуальных промышленных технологий
    • Научно-исследовательский центр технологий контроля качества ракетно-космической техники
    • Международный научный центр "Нелинейные и адаптивные системы управления"
      • Международная лаборатория "Архитектура и методы проектирования встраиваемых систем и систем на кристалле"
      • Международная лаборатория "Силовая электроника и автоматизированный электропривод"
      • Международная лаборатория "Интегрированные системы ориентации и навигации"
      • Международная лаборатория "Управление многоагентными, распределенными и сетевыми системами"
      • Международная лаборатория "Биомехатроники и энергоэффективной робототехники"
      • Международная лаборатория "Геометрические методы управления и приложения"

  • Физико-технический мегафакультет
    • Институт лазерных технологий
      • Международная научная лаборатория лазерных микро- и нанотехнологий
      • Лаборатория биомедицинских лазерных технологий
      • Лаборатория производственных лазерных технологий
    • Центр коллективного пользования "Нанотехнологии"
    • Физический факультет
      • Лаборатория беспроводных устройств для МРТ
      • Лаборатория фотоники функциональных наноматериалов
      • Лаборатория магнитного резонанса в медицине
      • Международный научный центр нанофотоники и метаматериалов
    • Научно-образовательный центр фотоники и оптоинформатики
      • Лаборатория квантовых процессов и измерений
      • Международный научный центр оптической и квантовой информатики, биофотоники
        • Международный институт "Фотоника и оптоинформатика"
          • Лаборатория фемтосекундной оптики и фемтотехнологий
          • Лаборатория цифровой и изобразительной голографии
          • Международный научно-технический центр "Вычислительная оптика, фотоника и визуализация изображений"
          • Международная лаборатория математических методов исследования сложных физических систем
          • Международная лаборатория сетевых технологий в распределенных компьютерных системах
          • Международная научная лаборатория современных фотонных материалов и технологий
          • Международная лаборатория техносферной безопасности
      • Научно-исследовательский центр оптического материаловедения
      • Международная лаборатория светового дизайна городской среды
    • Международный научно-образовательный центр физики наноструктур
      • Центр "Информационные оптические технологии"
        • Лаборатория "Оптика квантовых наноструктур"
        • Лаборатория "Анизотропные и оптически активные наноструктуры"
        • Лаборатория "Нелинейная оптика конденсированных сред"
        • Лаборатория "Фотофизика поверхности"
        • Лаборатория "Светоизлучающие углеродные квантовые наноструктуры"
        • Международная лаборатория "Гибридные наноструктуры для биомедицины"
    • Международная научная лаборатория фотопроцессов в мезоскопических системах

  • Мегафакультет трансляционных информационных технологий
    • Институт искусственного интеллекта
      • Национальный центр когнитивных разработок
        • Лаборатория композитного искусственного интеллекта

  • Мегафакультет наук о жизни
    • Факультет химбиоинженерии
      • Центр химической инженерии
    • Факультет инфонаук о жизни
      • Центр инженерных разработок "Инженерная инфохимия"
    • Международный научный центр "Биотехнологии третьего тысячелетия"

  • Институт "Высшая инженерно-техническая школа"
    • Научно-исследовательский центр световодной фотоники
      • Лаборатория записи волоконных брэгговских решеток
      • Лаборатория программируемой электроники
      • Лаборатория световодной фотоники
      • Лаборатория моделирования и программирования
      • Лаборатория сборки и юстировки устройств световодной фотоники
      • Лаборатория технологических методов и устройств
    • Научно-производственный центр "Прецизионная электромеханика"

  • Образовательный центр "Энергоэффективные инженерные системы"
    • Межфакультетская лаборатория "Трансляционные технологии в образовании"

  • Инновационный индустриальный центр ПАО "Газпром нефть" - Университет ИТМО

  • Передовая инженерная школа ИТМО интердисциплинарного инжиниринга
    • Центр инженерных разработок "Промышленная биотехнология"

• Административные (сервисные) подразделения

  • Сопровождение образовательной деятельности
    • Департамент развития и сопровождения государственных информационных систем
      • Научно-исследовательская лаборатория

  • Сопровождение научной деятельности
    • Управление научных центров и лабораторий
      • Международная научная лаборатория "Интеллектуальные методы обработки информации и семантические технологии"
      • Научно-исследовательская лаборатория "Техногенной безопасности"

  • Сопровождение международной деятельности
    • Институт международного развития и партнерства
      • Международный центр цифровых гуманитарных исследований